Римлянин, син Іоана, вікарія преторіанського префекта, жив за часів імператора Юстиніана. Він був апокризіаром Римської церкви у Візантії, коли Юстиніан доручив йому зняти владу з Павла Олександрійського. Потім зібрали в Газі синод, який проголосив скинути. Згодом він попросив імператора опублікувати едикт проти прозелітів Орігена, і отримав від нього обіцянку спадкоємства папі Вігілію, коли, будучи архідияконом Риму, підписав едикт проти трьох глав, колективної деномінації праць Теодорета, Мопсуеста та послання Ібаса, якими несторіанці виправдовували свої вчення.
Після смерті Вігілія Пелагій, згідно обіцянки імператора, зайняв папське крісло, не чекаючи виборів; але він зустрів багато опозиціонерів, і лише єпископи Перуджі та Ферентіно погодились. Його численні прихильності до народу та церков та прихильність Нарсеса закріпили його авторитет; але розкол не припинився до його смерті, яка відбулася 2 березня 560 року.
